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Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est un dispositif fiscal permettant aux entreprises qui engagent des dépenses de recherche et développement de déduire jusqu’à 30 % de ces dépenses de leur impôt sur les sociétés, ou d’en obtenir le remboursement si elles ne sont pas imposables. Le CIR  concerne les entreprises de tous les secteurs, quelle que soit leur taille, dès lors qu’elles mènent des travaux de recherche fondamentale, appliquée ou de développement expérimental. Pour en bénéficier, elles doivent déposer une déclaration spécifique jointe à leur liasse fiscale, accompagnée d’une documentation technique justifiant l’éligibilité des projets et des dépenses. Selon les chiffres les plus récents du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (MESR), 29 720 sociétés ont déposé une déclaration de CIR/CII/CIC en 2023, pour une créance fiscale totale de 7,8 Md€.

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) porte sur les travaux de recherche et développement au sens strict : recherche fondamentale, appliquée et développement expérimental. Le Crédit d’Impôt Innovation (CII) cible quant à lui les PME européennes qui engagent des dépenses de conception de prototypes ou d’installations pilotes de produits nouveaux -des activités souvent situées en aval de la R&D.

Le statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI) est accessible aux PME de moins de 8 ans qui consacrent au moins 20 % de leurs charges fiscalement déductibles à des dépenses de R&D. Pour les entreprises créées avant 2024, il ouvre droit à des exonérations d’impôt sur les bénéfices (100 % la première période bénéficiaire, 50 % la seconde). Ce volet a toutefois été supprimé pour les JEI créés depuis cette date. Le statut continue en revanche d’ouvrir droit, pour toutes les JEI, à des exonérations de cotisations sociales patronales sur les salaires des personnels travaillant sur des projets de R&D. Le statut JEI se cumule avec le CIR, ce qui en fait l’un des dispositifs les plus avantageux pour les entreprises technologiques en phase de développement.

L’IP Box (ou Patent Box) est un régime fiscal optionnel qui permet d’imposer à un taux réduit de 10 % les revenus issus de la cession ou de la concession de droits de propriété intellectuelle éligibles : brevets, certificats d’utilité, logiciels protégés par le droit d’auteur et certains actifs incorporels issus de la R&D. Il s’adresse aux entreprises qui exploitent commercialement des actifs de propriété intellectuelle et qui ont engagé des dépenses de R&D proportionnelles aux revenus générés (critère du lien). L’IP Box est particulièrement pertinent pour les entreprises du logiciel, de la pharmacie, des biotechnologies et de l’industrie technologique.

Le CIR fait l’objet de vérifications de comptabilité fréquentes de la part de la DGFIP, qui selon son appréciation, peut mandater un expert scientifique de l’administration pour évaluer l’éligibilité technique des projets déclarés. Les entreprises déclarantes doivent être en mesure de justifier les  projets sur le plan technique (caractère de recherche, incertitude scientifique, démarche systématique) ainsi que les dépenses comptabilisées. La meilleure préparation consiste à finaliser un dossier technique rigoureux et complet au plus tôt après le dépôt de la déclaration. Nous recommandons de ne pas attendre la réception d’un avis de vérification pour engager ce travail.